依据地方性法规核发的排污许可证仍然有效。对于依据地方政府规章等核发的排污许可证，持证企事业单位和其他生产经营者应按照排污许可分类管理名录的时间要求，向具有核发权限的机关申请核发排污许可证。核发机关应当在国家排污许可证管理信息平台填报数据，获取排污许可证编码，换发新的全国统一的排污许可证，从而纳入新系统进行管理。如果不能满足最新的许可要求，则应当要求企业在规定时间内向核发机关申请变更排污许可证。对于国家已经在统一规范进行核发的行业（比如火电、造纸），要分三种情况区别对待：依据地方性法规核发的有效期内的排污许可证仍然有效，核发机关应当在全国排污许可证管理信息平台填报数据，获取排污许可证编码；对于依照其他规定（不是法规要求）核发的，仍在有效期内的排污许可证，排污单位应按照国家最新的要求，向具有核发权限的机关，也就是负责发证的地方环保部门，申请核发排污许可证，原排污许可证作废。很多企业涉及了多个行业，那排污许可证怎么办？比如说，一个大型的钢铁企业，自带一个火电厂；一个印染企业，包含一个纸制品厂……按照主业来说，现有的地方排污许可证仍处于有效期内，还不到发换的时候，或者只有一个行业的装置属于国家已经要求开始发证的行业类型，这种情况怎么办，是让其中的火电厂和造纸厂单独先申领许可证吗？又怎么实现“一企一证”呢？按照国家统一的要求，对于自备热电企业或涉及多个行业的企业，如果国家未能同时推动企业所涉及的所有行业排污许可证的核发，企业也不能等着申请“完整”的新版许可证，应该根据企业所涉及的行业跟着国家统一的步调填报申请信息，获取全国统一的排污许可证编码。在初次申请的时候，还应该将企业的基本信息在国家排污许可证管理平台上一次性填报（所属行业填写企业主体的行业类别，比如说钢铁企业目前只申请自备电厂部分的许可内容，企业基本信息里的行业类别填钢铁行业和电力行业），要按照国家最新的要求填报自备电厂部分拟申请的许可事项和管理要求。而对于该企业所包含的，但是国家尚未统一发布许可规范的钢铁行业那部分装置，可以保留地方已经核发的排污许可证里的相关内容，并上传至国家排污许可证管理信息平台；对地方尚未实施排污许可管理的，则等到国家统一推动钢铁行业排污许可证核发工作时，在本次申请获得的排污许可证基础上，增加钢铁行业的相关许可内容，但排污许可证仍然是唯一的编码。环评是申请排污许可证的前提和重要依据。申领排污许可证时，须提交环评审批文号，或按照有关规定经地方人民政府依法处理、整顿规范并符合要求的相关证明材料。
分期建设的项目，环境影响报告书（表）以及审批文件应当列明分期建设内容及与污染物排放相关的主要内容，建设项目据此分期申请排污许可证。来源：河北省生态环境厅《河北关于进一步规范和完善排污许可管理工作的通知》同一个排污单位，既有已出台技术规范的行业，又有暂未出台技术规范的行业，可通过国家平台一并进行申领国家版许可证，暂未出台技术规范的行业按照《排污许可证申请与核发技术规范总则》进行填报。如该排污单位自愿同时申领国家版和省版排污许可证，可分别核发许可证。来源：中国环境报《小企业较多行业排污许可管理需分类处置》（惠州市）在给制鞋企业颁发排污许可证时，如果有不符合发证条件的内容，生态环境部门会在许可证中标注，将其作为整改内容，并写清整改时间和整改要求。企业在规定时间内整改完成，取得合法手续后，才可以拿到正常的许可证。在此之前，企业可以拿到一个临时的许可证。无论企业有什么问题，都不能制约企业拿到排污许可证。企业是否整改完成并不是企业能否领到排污许可证的前提。排污许可证执行情况，是环境影响后评价的重要依据。排污许可证执行报告、台账记录以及自行监测执行情况等，将作为开展建设项目环境影响后评价的重要依据。无证排污或不按证排污的，建设单位不得出具项目验收合格的意见。改扩建项目的环境影响评价，排污许可证执行情况将作为现有工程回顾评价的主要依据，在申请环境影响报告书（表）时，须提交相关排污许可证执行报告。为了推动排污许可制度和环评制度改革，环保部将完善建设项目环评审批信息申报系统，并与全国排污许可证管理信息平台充分衔接。
来源：中国排污许可
确定实际排放量的基本原则是，企业自行核算为主、环保部门监管执法为准、公众社会监督为补充。
企业自行核算为主：环保部门制定发布实际排放量核算技术规范，既指导企业自主核算实际排放量，又规范环保部门校核实际排放量，同时也可为社会公众监督提供参考。实际排放量核定方法采用的优先顺序，依次是在线监测法、手工监测法、物料衡算及排放因子法。对于应当安装而未安装在线监测设备的污染源及污染因子，以及数据缺失的情形，在实际排放量核算技术规范中，制定惩罚性的核算方法，鼓励企业按规定安装和维护在线监测设备。企业在线监测数据可以作为环保部门监管执法的依据。
环境保护部正在按行业制定排污单位自行监测指南，规范排污单位自行监测点位、频次、因子、方法、信息记录等要求。企业根据许可证要求，按期核算实际排放量，并定期申报、公开。
环保部门监管执法为准：采用同一计算方法，当监督性监测核算的实际排放量与符合要求的企业在线监测、手工监测等核算的实际排放量不一致时，相应时段实际排放量以监督性监测为准。
公众社会监督为补充：环保部制定的实际排放量核算技术规范，以及排污单位实际排放量信息向社会公开，公众可以对认为存在问题的提出质疑，进行举报或向有关部门提供调查线索。
目前环保的责任主体已回归企业，企业要自证守法，自己证明自己的排污行为符合排污许可证要求。对于企业来说，尤其是中小民营企业主要还是人的问题，缺乏专业环保人员和专业环保知识，再加上企业对自身产排污情况掌握不够全面，对相关排放标准的适用性、技术规范理解不到位，导致企业在排污许可申报、按证排污等方面存在困难。美国、欧盟等的排污许可证由专业技术人员来办理，这是一个技术许可，而不是纯行政的概念。我国当前状况下，企业可以通过第三方技术技改来协助办理排污许可。但是现在第三方市场比较混乱，必须要慧眼识真，选择有一定能力和责任心的第三方机构。